Thủ tướng là tổng tư lệnh của Lực lượng Phòng vệ. Dưới quyền Thủ tướng là Bộ trưởng Quốc phòng.[36][37][38][39]

Tổng Tham mưu trưởng (統合幕僚長, Tōgō Bakuryō-chō) khuyên bảo Thủ tướng và Bộ trưởng Quốc phòng và cầm đầu Bộ Tham mưu Liên quân (統合幕僚監部, Tōgō Bakuryō Kanbu). Bộ Tham mưu bao gồm Cố vấn cao cấp của Tổng Tham mưu trưởng, Phó Tổng Tham mưu trưởng, Phó Tham mưu trưởng Hành chính, và nhiều phòng ban và nhân viên đặc biệt.[40] Mỗi nhánh quân đội có Tham mưu trưởng riêng đứng đầu.[41][42][43][44]

Tổng Tham mưu trưởng là sĩ quan cấp cao nhất của Lực lượng Phòng vệ và phụ trách thi hành mệnh lệnh của Bộ trưởng Quốc phòng dưới chỉ đạo của Thủ tướng.[39][45] Tổng Tham mưu trưởng giám sát các nhánh quân đội và nắm quyền chỉ huy vào thời chiến, nhưng trong thời bình chỉ được hoạch định chính sách và phối hợp quốc phòng.[36][37]

Tham mưu trưởng của mỗi nhánh quân đội có quyền quản lý lực lượng của họ.[38][45][46]

Nhánh quân đội

• Lực lượng Phòng vệ Mặt đất
• Lực lượng Phòng vệ Biển
• Lực lượng Phòng vệ Trên không